На побережье Байкала известно более 40 пещер естественного происхождения, которые изучали многие исследователи, такие как: Черский И. Д., Обручев В. А., Кропоткин П. А., Хороших П. П. и другие. Большая часть пещер находится в известняковых породах, гранитах и конгломератах. Такие пещеры обычно открытые и имеют вид неглубоких ниш или навесов.
Наиболее известная пещера Байкала это пещера института Географии Сибири, которая совсем недавно открыта иркутскими спелеологами в бассейне реки Анги.
Протяжённость пещеры составляет около 870 метров, где можно увидеть целую систему ходов и гротов разной высоты, которые образовались в дислоцированных известняках. Самый крупный грот Центральный имеет протяжённость 90 м, а ширину 20 м. Натёчные образования пещеры представлены сталагмитами, сталактитами и драпировками. При входе в пещеру можно увидеть ледяные сталагмиты и фирновый лёд.
На вершине скалы Саган-Заба, что в 5 км от бухты Крестовой, находится мраморная пещера с довольно узким входным отверстием. На глубине около 10 метров в пещере расположен большой тёмный зал с множеством коридоров. Более 50 лет назад в одном из коридоров были найдены остатки культуры железного века. Местные жители утверждают, что в пещере зарыто много золота, которое китайцы везли на верблюдах через озеро Байкал.
Недалеко от самого озера Байкал на высоте 200 метров над уровнем моря находится пещера Скипер, сложенная из конгломератов. К пещере ведёт горная тропа, по которой можно попасть и к Кадилинским пещерам. Эти пещеры имеют весьма причудливые формы из-за горных пород, подвергнутых процессу выветривания. Здесь насчитывают более 10 пещер, имеющих разную форму и величину.
Наибольшая пещера Стрелка находится на самом крутом склоне, который разделяет утёс Малая Кадильная. Благодаря широкой продушине эта пещера имеет хорошее освещение, где можно посетить овальный зал размером 8х12 метров. На дне Стрелки лежит слой обвалившихся сталактитов.
Недалеко от пади Кадильной расположены Голоустнинские пещеры, где более 50 лет назад местными старожилами были найдены конские сёдла, наконечники стрел, «писаные камни», луки, обтянутые берестой и человеческие кости. Исследователи считают, что пещера служила местом захоронения неизвестной народности.