История города начинается в эпоху неолита, когда на берегу реки Кистрик образовалось поселение земледельцев и рыболовов. Как и у многих городов Абхазии, у Гудауты есть своя красочная и трогательная легенда. В ней рассказывается о судьбе юноши по имени Гуда и девушки по имени Ута. Понятное дело, они безумно любили друг друга, но злые родственники, принадлежащие к разным кланам, не позволяли им быть вместе. Воссоединиться влюбленным удалось, лишь бросившись в речку. Отсюда и название города — Гудаута.

В советское время он оставался в тени свой более яркой соседки Пицунды, а в начале 90-х гг., как и вся Абхазия, оказался в эпицентре драматических событий. Но постепенно в тихую Гудауту возвращается курортная жизнь — восстанавливаются советские пансионаты, появляются мини-отели, новые кафе, преображаются широкие галечные пляжи. Любителям истории здесь тоже не придется скучать — всего в 5 км находится живописное село Лыхны — средневековая резиденция владетельных абхазских князей.